Archivio della categoria: eHealth

FHIR CLI updated to 1.4.0

FHIR_3

Now FHIR CLI is STU 3 compliant. The easy to use Command Line Interface to HL7 FHIR® – Fast Healthcare Interoperability Resources (hl7.org/fhir) – now supports also the latest version of the standard.

In order to use it,  download the libraries from GITHUB: https://github.com/pghedini/fhir-cli and follow the instructions to use the STU 3 compliant client.

Let’s see an example session:

# Import the version STU 3 Candidate compliant
In [1]: from client_v3 import *

In [2]: cli = init_client()
Using FHIR Server: http://fhir3.healthintersections.com.au/open/
Verbosity LOW
No logging file.
No console logging.

# let's see the supported resources

In [3]: RESOURCES

In [3]: RESOURCES
Out[3]: 
[u'Account',
 u'AllergyIntolerance',
 u'Appointment',
 u'AppointmentResponse',
 u'AuditEvent',
 u'Basic',
 u'Binary',
 u'BodySite',
 u'Bundle',
 ...
 u'Patient',
 ...]

# and how much are they
In [4]: len(RESOURCES)
Out[4]: 114

# or make a query
resp = read(cli, "Patient/example")
# ...

HL7® and FHIR® are registered terms of the subject having right (HL7 organization).

Pierfrancesco Ghedini

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FHIR® resource validation

FHIRIn HL7 FHIR ® is quite easy to validate – to check the syntactic correctness – a resource by means of a FHIR server.

In order to keep this example simple we will use the FHIR CLI (Command line interface) to build the resources and to interact with the FHIR server.

Validation of a resource in XML format

Start FHIR CLI typing in a python interpreter…

from client import *
cli = init_client()

Store the resource in a variable called “res”

res = '''<Patient xmlns="http://hl7.org/fhir">
<id value="pat1"/>
<text>
<status value="generated"/>
<div xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">

<p>Patient Donald DUCK @ Acme Healthcare, Inc. MR = 654321</p>

</div>
</text>
<identifier>
<use value="usual"/>
<type>
<coding>
<system value="http://hl7.org/fhir/v2/0203"/>
<code value="MR"/>
</coding>
</type>
<system value="urn:oid:0.1.2.3.4.5.6.7"/>
<value value="654321"/>
</identifier>
<active value="true"/>
<name>
<use value="official"/>
<family value="Donald"/>
<given value="Duck"/>
</name>
<gender value="male"/>
</Patient>'''

Now execute the FHIR validate operation

resp = validate(cli, resource="Patient", par=res, format_acc="xml")

See the response code in order to check the operation result

resp.resp_code()

or simply type the variable name “resp” to display the output of the command

resp

You will see something like this:

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><OperationOutcome xmlns="http://hl7.org/fhir"><text><status value="generated"/><div xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"><p><b>Operation Outcome for :Validate resource </b></p><p>All OK</p></div></text></OperationOutcome>
POST Url: http://fhir3.healthintersections.com.au/open/Patient/$validate?async=false
Output code: 200

The operation “POST Url: http://fhir3.healthintersections.com.au/open/Patient/$validate?async=false” was All OK
The resource is validated.

Validation of a resource in json format

In this example we will build a resource using the resource constructor (Patient()), but, if you prefer, you can store directly the json object in a variable and validate it in the previously seen way.

pa = Patient({"resourceType":"Patient", "id": "pat1", "name":[{"family":["Donald"],"given":["TestName"],"use":"official"}]})
# check the content of pa simply entering pa variable
pa

and validate it.
Pay attention: to obtain the json representation from Patient resource stored in “pa” variable, use pa.json

resp = validate(cli, resource="Patient", par=pa.json, format_acc="json")

See the response code in order to check the operation result

resp.resp_code()

Pierfrancesco Ghedini

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Give my health data back!

Question

Question

In a short time a huge part of our health datas will be scattered on the servers of many different companies around the internet. How are you going to have them back? How will you be able to consolidate them on one single EMR?

The lack of adequate standards and the lack of will to do so will prevent us to get them back.

We expect a hard work.

PG.

 

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Le 5 dimensioni dell’EMR

Dimensioni dell'EMR

Dimensioni dell’EMR

Ogni implementazione di un EMR – Electronic Medical Record – dovrebbe essere valutata secondo 5 principali dimensioni:

  1. UTILITÀ PER IL PAZIENTE;
  2. UTILITÀ PER IL PROFESSIONISTA;
  3. VALENZA SOCIALE;
  4. SEMANTICA;
  5. TECNOLOGIA.

La prima dimensione è in relazione con il fatto che ogni EMR è di proprietà del paziente e deve essere di utilizzato a suo vantaggio. In particolare valutare questa dimensione comporta il riportare su una metrica il grado di utilità dell’EMR per il paziente. Occorre anche misurare il grado di gestibilità dell’EMR da parte del paziente stesso: ad esempio può essere valutata la facilità con la quale il paziente può oscurarne determinate parti al fine di tutelare la propria privacy o rendere disponibili parti dell’EMR a determinati professionisti sanitari e non ad altri.

La seconda dimensione è in relazione con il fatto che L’EMR è un fondamentale strumento di lavoro per il professionista sanitario che ha in cura il paziente. Il professionista ha il dovere di tenere costantemente aggiornato l’EMR per le parti di propria competenza, ma ha al contempo il diritto di consultare le informazioni rilevanti per la pratica professionale che non siano state oscurate dal paziente. Questa dimensione misura quindi il grado di utilità dell’EMR per il professionista.

Oltre che per il paziente e il professionista, l’EMR può essere prezioso per l’istituzione sanitaria che ha l’onere della valutazione dei servizi sanitari forniti alla popolazione. Gli EMR possono fornire informazioni aggregate, anonime e non per personali che permettono valutazioni di tipo epidemiologico, oltre che azioni di prevenzione e di governo della salute pubblica mediante la misura dei risultati – outcome – delle cure. La dimensione VALENZA SOCIALE misura l’utilità di una certa implementazione dal punto di vista dell’ISTITUZIONE SANITARIA.

I contenuti dell’EMR possono assumere diverse forme, ma saranno tanto più fruibili e gestibili informaticamente quanto più avranno una forma strutturata: ad esempio un referto di laboratorio analisi sarà assai più utile se riporterà in forma numerica i valori delle analisi contenute, piuttosto che la sola immagine – scannerizzazione o PDF – della copia cartacea. È, infatti, del tutto evidente che il valore del documento sarà tanto più elevato quanto più saranno le informazioni riportate gestibili informaticamente: di certo non sarò in grado di selezionare i referti che riportano un valore di glicemia anomalo se i referti sono sotto forma di copia scannerizzata. La DIMENSIONE SEMANTICA misurerà il grado di strutturazione dell’EMR e quindi la sua utilizzabilità con tecniche informatiche.

L’ultima ma non meno importante dimensione è quella tecnologica. Essa attiene al fatto che una certa implementazione dell’EMR risponderà più o meno brillantemente a domande del tipo:

  • è interoperante con i diversi sistemi tecnologici in uso in ambito sanitario e nella sfera personale?
  • è idonea all’uso in mobilità e su diversi tipi di dispositivi compresi i wearable e l’IOT?
  • è scalabile in ambiti diversi da quelli meramente personali ?
  • ecc…

Misurare le diverse implementazioni dell’EMR secondo queste caratteristiche e farlo secondo metriche che siano comuni e condivise sarà sicuramente la sfida più importante dell’immediato futuro.

PG.

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Non solo luci nell’IT sanitario, ma attendiamo un grande 2015

www.politico.com

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L’informatica sanitaria non è una strada lastricata di facili successi: chiunque se ne occupi lo sa.

Leggendo gli impietosi resoconti che ci giungono da oltre oceano a proposito della riforma da 30 miliardi di dollari voluta dalla Amministrazione Obama, ci si rende conto che le difficoltà in cui si dibattono i colleghi americani, sono le stesse di tutti.

In un recente articolo intitolato “High noon for federal health records program?” si afferma che:

  • fin dal 2011 i medici e gli ospedali statunitensi hanno dovuto dimostrare di utilizzare sistemi informatizzati per prescrivere, per prenotare esami e per lo scarico dei dati sanitari in rete; fin da allora, chi voleva beneficiare dei finanziamenti ha dovuto dare prova di gestire informaticamente dati come la pressione sanguigna o lo stato di fumatore del paziente;
  • quando il programma di finanziamenti prese l’avvio solo il 12 percento dei medici possedeva  un sistema informatizzato di gestione dei dati clinici, ora il 60% dei medici ne dispone e la quasi totalità degli ospedali; nessuno dichiara di volere tornare indietro, ma non tutto funziona;
  • i medici che hanno in cura pazienti che aderiscono al programma Medicare possono attendersi finanziamenti federali che possono arrivare a $43,720, ma possono essere assoggettati a penalizzazioni nei pagamenti che possono arrivare al 5%, se non rispondono a tutti i requisiti del programma in termini di informatizzazione;
  • nel primo anno in cui sono state applicate le penali, 250.000 medici hanno avuto penalizzazioni dell’1% nei pagamenti di Medicare;
  • ultimo, ma non meno importante aspetto, si dichiara che i medici hanno impiegato un’ora di lavoro al giorno in più ad inserire dati e quindi hanno visitato meno pazienti con potenziali conseguenti potenziali minori ricavi.

Leggendo questa impietosa analisi, mi è venuto spontaneo pensare che molte delle considerazioni che vengano fatte a proposito della situazione americana, ben potrebbero applicarsi alla nostra realtà.

Potrebbero, forse, essere comuni anche gli antidoti da utilizzare contro il male della cattiva informatizzazione:

  • lavorare in maniera incessante sulla usabilità degli applicativi sanitari e fare in modo che l’informatizzazione sia di ausilio al PDTA – Percorso Diagnostico Terapeutico Assistenziale -piuttosto che una fonte di inefficienza e faccia solo perdere tempo nella digitazione dei dati;
  • lavorare sulla integrazione degli applicativi sanitari per fare in modo che non si debbano inserire più volte le stesse informazioni in contesti diversi;
  • integrare i sistemi informativi dei medici di medicina generale con quelli degli specialisti e delle strutture ospedaliere;
  • riportare il paziente al centro del processo di cura, valorizzando attraverso l’informatizzazione il ruolo dei diversi attori del processo sanitario – che non sono solo i medici -, facendo in modo che l’aggiornamento delle informazioni sia uniformemente distribuito su tutte le figure coinvolte.

Il 2015 sarà un grande anno, un anno cruciale, ne sono certo: sarà l’anno della svolta.

Buon 2015 a tutti i protagonisti dell’informatica sanitaria e BUON LAVORO.

PG.

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Benessere, stili di vita e dispositivi medici personali: quello che vedremo nel 2015

Logo CNN

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Benessere, salute, corretti stili di vita, prevenzione delle malattie, dispositivi medici personali… quali saranno le tendenze più significative del 2015 nell’ambito dell’Healthcare?

Vedo e prevedo

Indipendentemente dal fatto che si stia consultando una seriosa e paludata rivista medica o il sito più gossipparo di consigli medici a buon mercato, non ci si salva. È fine anno e il gioco che va più di moda è quello della previsione selvaggia.

E chi siamo noi per sottarci a questo gioco?

Le 5 principali tendenze del 2015 secondo la CNN

Nell’articolo 5 digital health trends you’ll see in 2015 vengono citate 5 tendenze principali:

  • i dispositivi indossabili da portare all’orecchio;
  • le strisce che, analizzando il sudore, ci avvisano di potenziali problemi di salute;
  • le custodie per cellulari che fungono anche da dispositivi medici – da misuratori del battito cardiaco, da elettrocardiografi portatili, ecc… -;
  • le app utilizzabili solo dietro prescrizione medica;
  • sorgenti luminose più salutari e che meno disturbano il ritmo sonno veglia – ad esempio tablet che meno dovrebbero interferire con il prendere sonno alla sera grazie a emissioni più rispettose delle nostre reazioni fisiologiche -.

Sono assolutamente conscio che molti lettori, già a questo punto, si saranno fatti delle grasse risate leggendo un tale elenco, ma non sarebbe successo lo stesso se qualcuno prima dell’uscita dell’iPad della Apple ci avesse raccontato che avrebbe avuto un enorme successo un computer che non aveva nemmeno la tastiera e sarebbe stato costituito dal solo schermo.

Posto che non mi interessa molto se il prossimo dispositivo medico personale sarà da cingere al polso o da portare all’orecchio e che la striscia che analizza il mio sudore per dirmi se ho il diabete non mi sembra poi così drammaticamente innovativa, la tendenza che mi intriga maggiormente è la APP che dovrà essere prescritta dal medico. L’articolo, come esempio, cita una applicazione che potrebbe essere di supporto ai pazienti diabetici. Essa raccoglierà dati preziosi riguardo allo stile di vita adottato e, in questo modo, potrà fornire un aiuto prezioso al medico nella personalizzazione della terapia.

Il punto della questione

Forse il punto è proprio questo: nel 2015 assisteremo ad una incredibile fioritura di applicazioni che ci metteranno in grado di raccogliere i dati più disparati: ma chi li leggerà questi dati? chi saprà dare un senso a questa mole di informazioni?

Se sarà un medico ad organizzare questa raccolta e a trarne un senso compiuto forse tutto ciò sarà davvero una piccola rivoluzione. Forse anche chi si sa spiegare peggio di un altro avrà le stesse opportunità di cura di chiunque altro: penso agli anziani, penso a chi ha problemi mentali o di espressione…

Sono fiducioso, attendo con ansia il 2015.

PG.

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Turing e il calcolatore che diagnostica il cancro

Alan Turing Aged 16

Alan Turing all’età di 16 anni.

Alan Turing fu un genio ed un eroe.

Mise fine alla sua vita a soli 42 anni, vittima della società omofoba del tempo, il 7 giugno 1954. Il suo principale contributo, pubblicato nel 1937 con il titolo On Computable numbers, rappresenta ancora oggi uno dei fondamenti teorici del calcolo elettronico.

Turing non era solo un matematico di prim’ordine, era anche un eroe: il giorno successivo alla dichiarazione di guerra alla Germania fu chiamato alla Scuola Governativa di Codici e Cifre britannica a Bletchley Park, e si distinse ideando le cosiddette “bombe”, i dispositivi elettromeccanici che fecero breccia nel cifrario tedesco Enigma.

Ma quello che colpisce di più era la sua capacità visionaria. In un lavoro del 1950 scriveva: “Io credo che fra una cinquantina d’anni sarà possibile programmare calcolatori aventi una capacità di memoria di circa 10^9, in modo da farli giocare così bene al gioco dell’imitazione che un interrogante medio avrà una probabilità non superiore al 70% di compiere l’identificazione giusta dopo 5 minuti di interrogatorio. Credo che la domanda iniziale “Le macchine possono pensare?” sia troppo priva di senso per meritare una discussione. Ciò nonostante, credo che alla fine l’uso delle parole e l’opinione corrente saranno talmente mutati che si potrà parlare di macchine pensanti senza aspettarsi di essere contraddetti.”

Se oggi Alan Turing fosse vivo cosa penserebbe del programma per calcolatore che riesce a diagnosticare il cancro con una precisione maggiore di quanto riescano a fare i medici?

Penso ci guarderebbe con quei suoi occhi tristi e forse sorriderebbe e noi ricambieremmo annuendo silenziosi e commossi.

Grazie dott. Turing, grazie anche a nome di ogni malato che potrà trarre giovamento da ciò che nel chiuso del suo studio lei immaginò agli albori della nuova era.

PG.

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mHealth e paesi sottosviluppati

Istat

Istat

Di recente mi è capitato di ascoltare un relatore che dissertava di eHealth e di mHealth.

Il termine mHealth è l’abbreviazione di mobile Health e indica la pratica medica o l’informazione sanitaria supportata dai dispositivi mobili. Applicazioni pratiche riconducibili al mobile Health sono ad esempio la raccolta di informazioni sanitarie di tipo personale o collettivo – ad esempio riferibili ad una intera comunità o a persone affette da una medesima patologia -, la gestione di servizi informativi, il monitoraggio di segnali vitali, il teleconsulto o la telediagnosi, la telegestione di dispositivi sanitari indossabili, ecc…

Il relatore illustrava, con dovizia di particolari ed esempi, che il mobile Health è particolarmente efficace e promettente nei paesi in via di sviluppo dove ancora il computer non è onnipresente come nei paesi sviluppati.

Mentre ascoltavo mi veniva da pensare che in realtà anche in un paese come il nostro non si può ancora dire che il computer sia poi così diffuso. Infatti, se andiamo a vedere i dati ufficiali – ad esempio quelli che l’ISTAT aggiorna ogni anno in una ricerca chiamata “Cittadini e nuove tecnologie” – scopriamo che nel 2013 in Italia la quota di famiglie che dispone di un accesso ad Internet da casa e che possiede un personal computer è rispettivamente del 60,7% e del 62,8%. Quindi, di converso, esiste quasi un 40% di famiglie che un personal computer o un collegamento a internet domestico non ce l’ha.

Più nel dettaglio, le famiglie con almeno un minorenne sono le più tecnologiche: l’87,8% possiede un personal computer e l’85,7% ha accesso ad Internet da casa. Mentre all’estremo opposto si collocano le famiglie di soli anziani – di 65 anni e più -: appena il 14,8% di esse possiede il personal computer e soltanto il 12,7% dispone di una connessione per navigare in Internet. Questo banalmente significa che ben l’85% degli anziani non ha un computer connesso in internet in casa.

Se consideriamo la professione del capofamiglia delle famiglie che hanno un computer collegato a internet, notiamo che quelle in cui è presente un dirigente, un imprenditore o un libero professionista sono il 19% di più di quelle in cui il capofamiglia è un operaio. Ancora più elevato è il divario – del 23% – se si va a vedere chi possiede uno smartphone connesso ad internet.

In base a questi dati, viene da chiedersi se anche in Italia non vi sia bisogno di qualche progetto di mHealth o addirittura che, per certi strati di popolazione – come gli anziani – vi sia ancora necessità di approcci decisamente più tradizionali dell’eHealth.

PG.

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Ebola: nuove epidemie e vecchi malcostumi

The Health Care Blog - http://thehealthcareblog.com

The Health Care Blog

Riporto i fatti, così come essi sono descritti nell’articolo “Hospital blames bad EHR design for missed Ebola case” che è possibile reperire sull’autorevole “The Health Care Blog“:

il Texas Health Presbyterian Hospital di Dallas ha puntato il dito contro il proprio sistema informatico dichiarando che la mal progettata interfaccia utente del sistema avrebbe reso semplice per i membri del team di cura non considerare il viaggio in Africa di un paziente risultato poi affetto da Ebola. Il paziente – sempre secondo quanto riportato nell’articolo citato – sarebbe stato mandato a casa dopo una visita avvenuta il 24 di settembre, nonostante avesse riferito di un recente viaggio in Africa e presentasse sintomi riferibili ad Ebola come febbre alta, mal di stomaco e mal di testa. Le autorità sanitarie affermano che più di 100 persone sarebbero state potenzialmente esposte a Ebola nei due giorni precedenti al ritorno del paziente in ospedale avvenuto il 26 di settembre.

Sempre nell’articolo citato si riporta uno stralcio di comunicazione ufficiale del Presbyterian Hospital che afferma che il problema sarebbe da ricondurre al fatto che le funzioni destinate al personale infermieristico e quelle destinate al personale medico sono distinte e le informazioni sui viaggi sono, fra le funzionalità infermieristiche, essenzialmente pensate per gestire le vaccinazioni antinfluenzali.

L’autore dell’articolo si chiede se effettivamente debba essere messa sotto accusa la tecnologia e per tutta risposta allega un commento che anche io riporto:

Screen-Shot-2014-10-03-at-7.55.59-AM

 

Concordo con Ashish K. Jha che questa è una ben debole difesa quando si sbaglia.

Ciononostante il problema rimane.

Non ci possiamo nascondere dietro un dito: i nostri sistemi informativi sanitari sono pensati per gestire dati che assai raramente assurgono al ruolo di informazioni – cioè elementi di conoscenza per chi li legge -.

E ciò è dovuto essenzialmente ad una carenza di semantica:

  • il viaggio in Africa del paziente di cui è stata sottostimata l’infezione di Ebola al Presbyterian Hospital non era considerato – o considerabile – dal sistema informativo come un “VIAGGIO in AFRICA”, ma era un dato funzionale alla applicazione di un protocollo vaccinale contro l’influenza;
  • non poteva quindi entrare nella anamnesi del medico perché non era per quello pensato.

Che la difesa dei sanitari del Presbyterian Hospital sia debole, quando tentano di spiegare che essi hanno ben operato e che tutto è successo perché vi era semplicemente un problema sugli applicativi, è opinione di molti… che, tuttavia, si debba fare un enorme sforzo di miglioramento della qualità degli strumenti che vengono messi a disposizione del personale sanitario, appare altrettanto evidente ad altri.

L’usabilità e la semantica del dato sanitario saranno la vera frontiera dei prossimi anni.

PG.

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Questa volta possiamo arrivare prima del servizio sanitario nazionale inglese

National Health Service Logo

Logo del National Health Service del Regno Unito

In un articolo recente si annuncia che il servizio sanitario inglese – NHS National Health Service – ha intenzione, a breve, di mettere in grado i pazienti di consultare i propri dati sanitari attraverso lo smartphone.

Credo che, se volessimo, potremmo bruciare i colleghi dell’NHS sul tempo. A mio parere, non ci vorrebbe molto  a preparare una app che consentisse lo stesso risultato. In fondo la parte più difficile l’abbiamo già in gran parte fatta: la costruzione del fascicolo sanitario elettronico. Per chi ha già un fascicolo sanitario elettronico attivo, la prova è semplice, basta andare in internet con il proprio smartphone e accedere. Certo, le maschere sono piccole e non è ottimizzate per gli schermi minuscoli dei telefoni. Certo non è la stessa usabilità che si avrebbe con una app… comunque non siamo molto lontani.

A chi ancora non ha attivato il proprio fascicolo sanitario elettronico, consiglio di farlo: gli assistiti dell’Emilia Romagna troveranno tutte le informazioni necessarie sul sito https://www.fascicolo-sanitario.it. Gli assistiti di altre regioni potranno trovare i riferimenti al proprio fascicolo – per quelle regioni che già l’abbiano attivato – con una semplice ricerca in internet.

Quindi, senza peccare di eccessivo ottimismo, credo che con un piccolo sforzo aggiuntivo sia possibile bruciare sul filo di lana i pur bravissimi colleghi inglesi.

PG.

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